经过十几年的发展，各绿色食品企业在基地组织管理方面已经基本形成了一套行之有效的管理模式和管理制度，有力地保证了绿色食品的质量和安全。
目前，在基地的组织管理过程中，各绿色食品企业主要采取两种模式，一种是集中型管理，一种是松散型管理。集中型的管理模式主要是企业对生产原料基地采取股份制，在当地设立公司或分公司，成立董事会，实行董事会领导下的总经理负责制，一般采取控股的方式。在管理和技术方面，由企业负责，同时制定基地管理标准、配方标准，定期进行技术指导、检查，使绿色食品生产规程真正落实到原料基地管理过程中。
松散型的管理模式主要是公司企业与有原料基地发展协议的乡、村或者当地政府，共同组建“绿色食品原料基地管理领导小组”，对领导成员进行分工，各负其责，制定农药、施肥、管理细则，按基地、农户分级管理，进行落实，并签订合同，用契约的方式来制约双方，使绿色食品原料达到无污染、安全、卫生的标准。
四、绿色食品原料基地生产模式逐步完善，绿色产业链初步形成，为绿色食品生产提供高质量的原料
绿色食品的原料基地是绿色食品生产的第一车间，是保证产品质量的重要环节。绿色食品原料基地处于产业链的源头，是基础和保证。经过几十年的发展，绿色食品企业逐步形成以种植、养殖基地为基础，以企业为龙头，以经济效益为纽带，以全面质量监控和完善服务为保障，以市场为核心的绿色产业链。绿色食品原料基地生产模式不断成熟、完善。
在绿色食品原料生产过程中，各绿色食品企业都把落实绿色食品生产操作规程作为基地规范化管理的一项主要工作来抓。对基地内的农户按照国家绿色食品发展中心的种植、养殖操作规程加强对农药、化肥，疫病防治和兽药使用情况的监管，同时建立了严格的档案资料和监督检查制度。在原料生产过程中，各绿色食品企业组织基地农业科技人员，大力推广应用有机肥、生物肥、生物农药等符合绿色食品生产标准的生产资料，引导农户严格按操作规程适时、适量科学用肥、用药，确保绿色食品产品的质量。各基地做到了统一技术培训，统一技术指导，统一技术管理，统一检查验收，统一物资供应，统一产品收购。
