为启动我省绿色农业发展，1996年1月18日，云南省绿色食品办公室正式挂牌成立，当时为云南省农业技术推广站下设科室。1999年，经云南省农业厅研究决定，将云南省绿色食品的相关工作职能调整到云南省农业环境保护监测站。
为更好地推动云南省绿色食品事业的发展，2002年12月，经云南省农业厅上报省编办同意，专门成立了云南省绿色食品发展中心，为全额拨款事业单位，单位编制15人，负责全省的绿色食品相关工作。
为启动我省有机食品工作，2003年5月，按照中国绿色食品发展中心《关于设立有机食品认证分中心的通知》（[2003]中绿字第39号）的相关要求，经请示农业厅同意，中心加设了中绿华夏有机食品认证中心云南省分中心牌子。
为对应农业部农产品质量安全中心工作，2004年9月，经省编委和农业厅同意，中心又加挂了云南省农产品质量安全中心的牌子。2008年12月，为适应新的农产品质量安全工作需要，中心将法人单位名称变更为云南省农产品质量安全中心同时加挂云南省绿色食品发展中心牌子。
为推动社会力量参与绿色农业产业发展，2009年9月，经省农业厅和省民政厅同意，成立了云南省绿色（有机）食品产业协会，作为行业发展与政府的桥梁和纽带，积极为认证企业开展服务，加强行业自律和扩大品牌宣传，抱团发展，为云南绿色农业和“三品一标”发展做出应有的贡献。
同时在全省各级政府的重视和支持下，经过多年的努力，云南省“三品一标”工作机构建设取得了稳步发展，目前，全省十六个州（市）和绝大多数县（市区）都成立或通过加挂牌子成立了工作机构，没有专门或加挂牌子的也都明确了相应的工作机构和专兼职工作人员，初步建立起了包括产地环境、生产过程、产品质量、专用生产资料等环节的质量认证体系框架，逐步形成了上下联动、左右链接的工作网络。
多年来，我省农产品质量安全工作机构十分重视农产品质量认证管理检查员（核查员、管理员）、监管员及企业内检员的技术培训，到目前为止，全省共有200多名工作人员获得无公害农产品、绿色食品、有机食品检查员、监管员从业资格，平均每年培训无公害农产品和绿色食品内检员500人左右，举办或参与了不同层次的培训班100余次，培训企业负责人和科技人员10000余人次。通过业务培训，强化了我省各州、市、县机构工作人员的业务知识和技能，培养了一批技术骨干，为“三品一标”认证和管理工作向州（市）、县（市）延伸创造条件、奠定了基础。
3、抓好品牌宣传是绿色农业持续健康发展的重要平台和手段
“三品一标”产业的发展必需有广泛的社会基础。发展无公害农产品的目标是对农产品消费安全的基本保障，发展绿色食品的目标是在保障基本消费安全的基础上强调了优质与营养，发展有机食品是在前两者基础上突出了生态环境保护和出口创汇，登记农产品地理标志则是突出地方特色，强化公共区域农产品品牌保护。“三品一标”概念的提出及其生产加工管理模式的推行在国内已有10多年的历史，但随着消费者安全消费意识的提高，假冒品牌现象的增多，以及近年兴起的各种认证新概念的推出等原因，对“三品一标”发展造成了一定的冲击，而且大部分消费者对“三品一标”仅停留在一般意义上的认识水平，对“三品一标”的质量控制体系缺乏深入系统的认识。我省紧紧围绕实施绿色经济强省等战略目标，以《农产品质量安全法》和《绿色食品标志管理办法》等的宣传培训为重点，借助电视、报刊、杂志、网络等新闻媒体，积极开展相关知识宣传培训，到2017年底，中心累计在不同传播媒体上组织宣传了1000余次。每年组织绿色食品企业参加中国绿色食品博览会、中国国际有机食品博览会、中国国际农博会等重要展会，为宣传我省高原特色农产品品牌，促进企业交流合作和市场开拓发挥了积极作用。积极组织绿色食品进超市、社区和新闻媒体进企业等活动，不断讲好品牌故事，为绿色食品发展创造良好的社会氛围。
