然而，由于绿色食品作为农业的终端产品，在产业发展方面尚有一定的局限性，无法形成完整、系统的体系，制约了绿色食品事业的进一步发展。需要在绿色食品事业基础上扩展和延伸，使其科学化、系统化，构建新的农业发展模式。绿色农业就是在绿色食品事业发展的基础上，经过对全球半个多世纪以来各种农业发展模式的分析、研究，结合我国农业发展的新形势，对今后农业发展取向所做出的战略性判断和抉择。
绿色农业特别强调在生态安全、资源安全前提下的食品安全，强调人类社会和自然、经济和谐，全面、协调、可持续发展。绿色农业是从根基上、规模上、质量上保证和促进绿色食品生产。从战略决策上分析，绿色农业不仅是适应绿色食品事业继续发展需要，而且是在绿色食品事业基础上产生的新的农业发展模式，是现代农业发展的必然选择。
三、实施绿色农业科研项目
根据回副总理的批示精神，2007年4月农业部发文，设立了《绿色农业科学研究与示范》专项，列入政府“社会公益研究”项目。
项目由中国绿色食品协会承担，项目主持人刘连馥。设立绿色农业理论体系、区域发展模式、配套关键技术、服务体系建设四个方面内容，又分设17个课题。共有11个农业科学院、5所大学、10个省市绿办（协会），以及各市县、农场、企业等470多名科研人员参加研究。历近四年的协作攻坚，全面完成任务，取得了一系列研究与示范成果，于2010年12月，通过专家鉴定。鉴定委员会认为：“该研究全面完成了任务指标。科技成果充分体现了绿色农业理念，达到国内领先水平。在资源利用循环模式、生物质热能沼气池设计、寒地水稻优质绿色农业高产模式等方面达到国际先进水平。”主要成果及其创新点:
1、绿色农业基本理论研究提出与论证了绿色农业的基本范畴与原理，构建了绿色农业发展理论框架
2、针对河西走廊水资源供需矛盾突出，农业资源利用率低等问题，研究构建产业衔接平衡协调的资源配置模式，开发以节水和资源循环利用为主线的绿色农业技术体系。
3、北京蟹岛建成了以物质循环为基础，集种植、养殖、加工、旅游为一体的都市绿色农业科技示范园，形成以沼气池为纽带的生物质能源利用和零排放模式。
4、研发“稻—鸭—肥”、“稻—鸭—油”、“猪—沼—鱼”模式，将生态修复、土壤改良、病虫综合防治、农业资源可持续融合利用技术，发展了复合型种植养殖循环模式。
5、在水稻迅速发展的东北三江平原，通过水资源总量评价，提出水资源优化配置和开发利用途径。采用水稻间控灌溉技术，节约用水30%。
6、绿色测土配方施肥实行有机肥、化肥、微生物肥、叶面肥相结合，长效、缓效、速效、增效施肥相结合，实现适度减施化肥，提高肥料利用率。
7、在南方湿热地区应用优质种群胚胎移植、奶牛复合抗热应激饲料添加剂，提高奶牛产奶量。在北方研制出奶、肉牛不同生长期的绿色精饲料配方、中草药组合替代抗生素新方剂、防治体内寄生虫的中草药配伍组方，发展了健康养殖技术。
