1995年，成立安徽省绿色食品工作领导小组，时任省长回良玉任名誉组长，副省长任组长；设立绿色食品办公室，办公地点在省农垦事业管理局农业处，负责绿色食品发展工作。
2000年，省农业厅改革为省农委，省农委成立安徽省绿色食品办公室，将原农垦事业管理局绿色食品发展工作划入省农委。
2007年，省编办批准安徽省绿色食品办公室更名为安徽省绿色食品管理办公室（以下简称“绿办”），定为全额拨款事业单位。
2008－至今，省绿办列为参照公务员法管理的事业单位。
1.3有机食品认证管理
1994年，正值有机食品从国外引入之际，国家环保总局有机食品发展中心就在泾县汀溪乡进行了汀溪兰香有机茶叶的开发和研究工作。
2004年，有机食品认证职能列入省绿办。我省有机食品当年超过5个，成为有机食品认证工作的开端。
2007年，我省有机食品达到10个，至2009年，我省有机食品达到161个，实现数量上的跨越式发展。
2017年底，我省有机食品达430个。
1.4地理标志农产品认证管理
2007年，由省农委市场信息处开展农产品地理标志登记保护工作。经过两年时间的发展，我省地理标志登记保护农产品10个。
2010年，由省农委农产品质量安全监管处开展农产品地理标志登记保护工作，开始在产品种类和保护数量上不断扩充。至2015年底，我省农产品地理标志已接近30个。
1.5 “三品一标”机构整合
2016年，省农委将“三品一标”工作职能统一划归省绿办，由省绿办统一负责认证和管理，至此“三品一标”实行了统一管理。
2.“三品一标”发展主要推进措施与成效
2.1稳步推进产业健康发展
坚持“从严从紧、积极稳妥”的原则，稳步推进我省“三品一标”产业健康发展。一是把好认证关口，在坚持标准、确保质量的前提下，继续完善和推进“三品一标”产业发展、质量监管分片负责、目标考核的工作机制，进一步强化检查员的风险意识和责任意识，提高全体工作人员的责任心和工作效率。二是严格认证现场检查工作规范，统一检查程序和要求，确保现场核查工作的规范性和有效性，不断提高我省“三品一标”产业发展的质量和水平。
“十五”末，我省“三品一标”655个；从“十一五”中期至“十二五”末期，我省“三品一标”年增长率达12%，其中2008年总量为1788个，2010年总量为2428个，2015年总量达到3330个。
“十三五”初期，省政府实施农产品质量安全认证体系建设民生工程，农业生产经营单位认证“三品一标”热情进一步提高，2016年、2017年“三品一标”总量分别为4095个、4758个。。
